反滲透系統的常見故障狀況關鍵有三類:透水流量降低、鹽透過率擴大及其壓力降擴大，反滲透系統出現常見故障會造成除鹽率的降低和商品水流量的減少，假如二者或在其中之一遲緩地減少，則可能是污漬或污垢造成的普遍狀況，能夠根據清理反滲透系統來解決困難。

1.評定反滲透系統機械設備和有機化學難題

反滲透系統機械設備難題主要是O形圈的損壞、食鹽水密封性的損壞、泵的損壞、管路和閘閥的損壞、不精準的儀表盤等。反滲透系統有機化學難題一是酸加上的不適度，高使用量的酸會損壞膜或造成根據硫氰酸鉀的積垢，小劑量會造成硫化物或根據金屬材料氫氧化鎳的垢或環境污染;二是反滲透阻垢劑加上的不適度，高使用量很有可能造成環境污染，小劑量很有可能造成積垢。

2.評定反滲透系統空氣污染物

一是剖析進料液、食鹽水和商品液的無機物成份，總有機碳(TOC)、渾濁度、pH值、TDS、總固體(TSS)、SDI和溫度，在其中SDI、TSS和渾濁度的測量能出示顆粒化學物質環境污染的根據，TOC的測量可預兆有機化合物的環境污染趨向;二是預浸和剖析反滲透系統進料液筒過濾裝置或SDI過濾裝置濾墊。

3.反滲透系統核查儀表盤實際操作

包含氣壓表、蒸汽流量計、pH計、導電率計、溫度計等，必需時再次校準。

4.剖析反滲透系統進料水化學標準的轉變

將現行標準的進料水剖析和設計方案時的標準數據信息相較為，進料水化學標準的轉變會造成增加預備處理或升級原來預備處理機器設備的要求。

5.再次查驗反滲透系統的實際操作數據信息

檢測操作記錄、擴散系數及除鹽率的轉變，考慮到溫度、工作壓力、給排水濃度值、膜的年紀等對生產量和除鹽率的危害。

6.挑選反滲透系統適合的清理計劃方案

在清理計劃方案的挑選中，應考慮到下列要素:膜的種類和清潔劑挑選的相溶性，清洗機械的要求，系統的構造原材料，空氣污染物的評定等。